(Grupo mixto entre Genética y Producción Vegetal y Nutrición Vegetal)

 

 Objetivos PublicacionesProyectos Patentes

 

 

 

Dr. Bruno Contreras Moreira*, Dra. Mª Inmaculada Yruela Guerrero, Dr. Álvaro Sebastián Yagüe, Carlos Pérez Cantalapiedra (estudiante doctorado)  

 

* Responsable del Grupo

bcontreras@eead.csic.es

 

Objetivo general

 

Desarrollo de métodos computacionales para el estudio de la regulación genética, la estructura y función de macromoléculas biológicas y la identificación de variantes y marcadores con valor filogenético. Está disponible en www.eead.csic.es/compbio/ una descripción completa de nuestros recursos y líneas de investigación.

 

Objetivos específicos

 

• Descubrimiento de patrones de regulación reconocidos por factores de transcripción, en base a conocimiento estructural, evolutivo y genómico.
  

B. Contreras-Moreira, A. Sebastián
bcontreras@eead.csic.es

• Análisis bioinformático de las redes de regulación en plantas.
  

B. Contreras-Moreira, A. Sebastián, en colaboración con la Dra.Ana Casas y el Dr. Ernesto Igartua.

bcontreras@eead.csic.es

• Diseño y selección a escala genómica de marcadores filogenéticos para estudios genómicos y de diagnóstico.
  

B. Contreras-Moreira, en colaboración con la Dra. Ana Casas, el Dr. Ernesto Igartua, la Dra. Inmaculada Yruela, el Dr. Pablo Vinuesa (UNAM,México) y la Dra. Pilar Madero (Centro de Análisis Genéticos, Zaragoza,España).

bcontreras@eead.csic.es

• Análisis extructural y funcional de macromoléculas en plantas.
  

I. Yruela, B. Contreras Moreira

yruela@eead.csic.es

 

Publicaciones más representativas (desde 2008)

 

 

Yruela, I. and Contreras-Moreira, B. (2012) Protein disorder in plants: a view from the chloroplast BMC Plant Biology, 12:165

Sebastián, A., Cantalapiedra, C.P. and Contreras-Moreira, B. (2012) Interface similarity improves comparison of DNA-binding proteins: the Homeobox example. Lecture Notes in Computer Science, 6620/2012:72-82

Casas, A., Dejemel, A., Ciudad, F., Yahiaoui, S., Ponce, L., Contreras-Moreira,B., Gracia,M.P., Lasa,J.M. and Igartua,E. (2011) HvFT1 (VrnH3) drives latitudinal adaptation in Spanish barleys. Theoretical and Applied Genetics, 122:1293-1304

Sachman-Ruiz,B., Contreras-Moreira,B., Zozaya,E., Martínez-Garza,C. and Vinuesa,P. (2011) primers4clades, a web server to design lineage-specfic PCR primers for gene-targeted metagenomics. Chapter 51 in Frans J. de Bruijn (ed.), Handbook of Molecular Microbial Ecology vol.I: Metagenomics and Complementary Approaches. Wiley/Blackwell (in press)

 

Yruela, I., Arilla-Luna, S., Medina,M. and Contreras-Moreira, B. (2010) Evolutionary divergence of chloroplast FAD synthetase proteins. BMC Evolutionary Biology, 10: 311. http://hdl.handle.net/10261/28894

 

Contreras-Moreira, B. (2010) 3D-footprint: a database for the structural analysis of protein-DNA complexes. Nucleic Acids Research, 38: D91-D97. http://hdl.handle.net/10261/17059

 

Martínez, J. I., Yruela, I., Picorel, R., Alonso, P. J. (2010) H-1 Hyperfine Interactions in the Mn-Cluster of Photosystem II in the S-2 State Detected by Hyperfine Sublevel Correlation Spectroscopy. Journal of Physical Chemistry B, 114: 15345–15353.

 

Sagasti, S., Yruela, I., Bernal, M., Luján, M. Á., Frago, S., Medina, M., Picorel, R. (2010) Characterization of the recombinant copper chaperone (CCS) from the plant Glycine (G.) max. Melallomics, 3: 169-17.

 

Contreras-Moreira, B., Sachman-Ruiz, B., Figueroa-Palacios, I., and Vinuesa, P. (2009) primers4clades: a web server that uses phylogenetic trees to design lineage-specific PCR primers for metagenomic and diversity studies. Nucleic Acids Research, 37(Web Server issue): W95-W100. http://hdl.handle.net/10261/13175

 

Yruela, I. (2009) Copper in plants: acquisition, transport and interactions. Functional Plant Biology, 36: 409-430.

 

Espinosa Angarica, V., González Pérez, A., Vasconcelos, A.T., Collado-Vides, J. and Contreras-Moreira, B. (2008) Prediction of TF target sites based on atomistic models of protein-DNA complexes. BMC Bioinformatics, 9: 436. http://hdl.handle.net/10261/8952

 

Vinuesa, P., Rojas-Jiménez, K., Contreras-Moreira, B., Mahna, S.K., Prasad, B.N., Moe, H., Selvaraju, S.B., Thierfelder, H., and Werner, D. (2008) Multilocus Sequence Analysis for assessment of the biogeography and evolutionary genetics of four Bradyrhizobium species that nodulate soybeans on the asiatic continent. Appl. Environ. Microbiol., 74: 6987-6996. http://hdl.handle.net/10261/28874

 

Lozada-Chávez,I. Espinosa Angarica, V., Collado-Vides, J. and Contreras-Moreira, B. (2008) The role of DNA-binding specificity in the evolution of bacterial regulatory networks. Journal of Molecular Biology, 379(3): 627-43. http://hdl.handle.net/10261/4998

 

 

  

(lista completa en www.eead.csic.es/compbio/publications.html)

 

 

Proyectos y contratos de investigación en vigor

 

STREG (http://www.streg.org), financiación de ERA-Net/PLANT_KBBE 2008 (EUI2008-03612).

 

Descubrimiento de nueva variabilidad para la mejora de la cebada en España, financiado por el  Plan Nacional I+D+i 2008-2011 (AGL2010-2192, PI: Ernesto Igartua).

 

Prototipo para el diseño de sondas y cebadores de PCR para el diagnóstico en paralelo de microorganismos patógenos en el ámbito agroalimentario, financiado por Cheque Tecnológico Ibercaja 2010-2011

 

Prototipo de software para la asignación de antígenos leucocitarios humanos (HLA), financiado por Cheque Tecnológico IberCaja 2012.

 

 

Herramientas software desarrolladas

 

3D-footprint (http://floresta.eead.csic.es/3dfootprint/): a database for the structural analysis of protein-DNA complexes.

 

primers4clades (http://floresta.eead.csic.es/primers4clades): server for the design of primers for phylogenetic analyses based on PCR amplifications, created in collaboration with Pablo Vinuesa (UNAM,México).