La estructura de la Estación Experimental de Aula Dei, aprobada en la Junta de Gobierno del CSIC del 26 de octubre de 2006 es la siguiente:
Dirección
Vicedirección
Gerencia
Unidades Técnicas y Servicio
- Unidad de Servicios de Administración
- Unidad de Servicios Generales
- Unidad Técnica de Biblioteca y Documentación
- Unidad Técnica de Tecnologías de la Información
- Unidad Técnica de Apoyo a la Investigación en Campo
Departamentos
- Departamento de Genética y Producción Vegetal
- Departamento de Nutrición Vegetal
- Departamento de Suelo y Agua