Biología Computacional y Estructural
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Descripción
Desarrollo de métodos computacionales para la genómica y la regulación genética de plantas y el análisis estructural y funcional de macromoléculas biológicas. (Grupo mixto entre los Departamentos de Genética y Producción Vegetal, y Nutrición Vegetal).
Objetivos
- Análisis evolutivo y estructural de factores de transcripción, metaloproteínas, enzimas y proteínas desordenadas en plantas
- Genómica de gramíneas: cebada y Brachypodium
- Selección de marcadores para mejora de cebada, diagnóstico molecular y metagenómica
- Aspectos bioinformáticos de la biosíntesis y translocación de exopolisacáridos de S. meliloti. PRI-AIBAR-2011-0840. (Responsable:Contreras Moreira, Bruno)
- Molecular Plasticity: La relevancia de las proteínas dúctiles. BBC 04_2018. (Responsable:Yruela Guerrero, Inmaculada)
- Participación en el grupo Biología Estructural. IP: María Luisa Peleato Sánchez. B18 -Grupos DGA 2014-. (Responsable:Yruela Guerrero, Inmaculada)
- Participación en el grupo Biología Estructural. IP: María Luisa Peleato Sánchez. B18 -Grupos DGA 2015-. (Responsable:Yruela Guerrero, Inmaculada)
- Participación en el proyecto: "Catalizadores de oxigenación y de oxidación de agua". IP: Eduardo Sola Larraya. CTQ2015-64486-R. (Responsable:Yruela Guerrero, Inmaculada)
- Participación en el proyecto de la UZ: Aplicación de técnicas de resonancia paramagnética electrónica para el desarrollo de materiales avanzados bioinspirados basados en compuestos de capa abierta. IP: Jesús Ignacio Martínez Martínez. UZ2015-CIE-07. (Responsable:Yruela Guerrero, Inmaculada)
- Participación en el proyecto de la UZ: Evolución de caracteres biológicos y procesos de especiación en el género modelo Brachypodium (Poaceae) mediante análisis de genómica comparada y funcional. IP: Pilar Catalán. CGL2016-79790-P. (Responsable:Contreras Moreira, Bruno)
- Participación en el proyecto de la UZ: Flavoenzimas: mecanismos y dianas moleculares, patologías y aplicaciones biotecnológicas. IP: Milagros Medina Trullenque. BIO2016-75183-P. (Responsable:Yruela Guerrero, Inmaculada)
- Participación en el proyecto FLAVOTECH: Sistemas dependientes de flavoenzimas: de sus mecanismos de acción a sus aplicaciones biotecnológicas y sanitarias. IP: Milagros Medina Trullenque. BIO2013-42978-P. (Responsable:Yruela Guerrero, Inmaculada)
- Participación en el proyecto: Técnicas avanzadas de resonancia parmagnética electrónica (EPR) para el diseño de materiales funcionales bioinspirados con aplicaciones energéticas. IP: Jesús I. Martínez (UNIZAR). MAT2011-23861. (Responsable:Yruela Guerrero, Inmaculada)
- Selección a escala genómicade marcadores moleculares óptimos para estudios de microbiología ambiental y su validación experimental. Estancias de Investigación de corta duración. (Responsable:Contreras Moreira, Bruno)
- Subvención Modalidad A del Programa de estancias de movilidad en centros extranjeros (Estados Unidos de América). PR2015-00353. (Responsable:Yruela Guerrero, Inmaculada)
- Tolerancia a la sequía de una variedad autóctona de cebada. Análisis por secunciación masiva de RNA. 2011 GA LC 059. (Responsable:Contreras Moreira, Bruno)
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2018
- Casas AM, Contreras-Moreira B, Cantalapiedra CP, Sakuma S, Gracia MP, Moralejo M, Molina-Cano JL, Komatsuda T, Igartua E. Resequencing theVrs1 gene in Spanish barley landraces revealed reversion of six-rowed to two-rowed spike. Molecular Breeding 38: 51 (2018)
- Nguyen NTT, Contreras-Moreira B, Castro-Mondragon JA, Santana-Garcia W, Ossio R, Robles-Espinoza CD, Bahin M, Collombet S, Vincens P, Thieffry D, van Helden J, Medina-Rivera A, Thomas-Chollier M. RSAT 2018: regulatory sequence analysis tools 20th anniversary. Nucleic Acids Research 46 (W1): W209-W214 (2018)
- Niklas KJ, Dunker AK, Yruela Y. The evolutionary origins of cell type diversification and the role of intrinsically disordered proteins. Journal of Experimental Botany 69 (7): 1437-1446 (2018)
- Sancho R, Cantalapiedra CP, López-Álvarez D, Gordon SP, Vogel JP, Catalán P, Contreras-Moreira B. Comparative plastome genomics and phylogenomics of Brachypodium: Flowering time signatures, introgression and recombination in recently diverged ecotypes. New Phytologist 218: 1631-1644 (2018)
- Sein-Echaluce VC, Pallarés MC, Lostao A, Yruela I, Velázquez-Campoy A, Peleato ML, Fillat MF. Molecular basis for the integration of environmental signals by FurB from Anabaena sp. PCC 7120. Biochemical Journal 475 (1): 151-168 (2018)
- Vinuesa P, Ochoa-Sánchez LE, Contreras-Moreira B. GET_PHYLOMARKERS, a software package to select optimal orthologous clusters for phylogenomics and inferring pan-genome phylogenies, used for a critical geno-taxonomic revision of the genus Stenotrophomonas. Frontiers in Microbiology 9: 771 (2018)
- Yruela I, Contreras-Moreira B, Dunker AK, Niklas KJ. Evolution of protein ductility in duplicated genes of plants. Frontiers in Plant Science 9: 1216 (2018)
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2017
- Bernal-Bayard P, Puerto-Galán L, Yruela I, García-Rubio I, Castell C, Ortega JM, Alonso PJ, Roncel M, Martínez JI, Hervás M, Navarro JA. The photosynthetic cytochrome c550 from the diatom Phaeodactylum tricornutum. Photosynthesis Research 133 (1-3): 273-287 (2017)
- Cantalapiedra CP, García-Pereira MJ, Gracia MP, Igartua E, Casas AM, Contreras-Moreira B. Large differences in gene expression responses to drought and heat stress between elite barley cultivar scarlett and a Spanish landrace. Frontiers in Plant Science 8: 647 (2017)
- Contreras-Moreira B, Cantalapiedra CP, García-Pereira MJ, Gordon SP, Vogel JP, Igartua E, Casas AM, Vinuesa P. Analysis of plant pan-genomes and transcriptomes with GET_HOMOLOGUES-EST, a clustering solution for sequences of the same species. Frontiers in Plant Science 8: 184 (2017)
- De Anda V, Zapata-Peñasco I, Poot-Hernández AC, Eguiarte LE, Contreras-Moreira B, Souza V. MEBS, a software platform to evaluate large (meta)genomic collections according to their metabolic machinery: unraveling the sulfur cycle. GigaScience 6 (11): 1-17 (2017)
- Gordon SP, Contreras B, Woods DP, Des Marais DL, Burgess D, Shu S, Stritt C, Roulin AC, Schackwitz W, Tyler L, Martin J, Lipzen A, Dochy N, Phillips J, Barry K, Geuten K, Budak H, Juenger TE, Amasino R, Caicedo, AL, Goodstein D, Davidson P, Mur LAJ, Figueroa M, Freeling M, Catalan P, Vogel JP. Extensive gene content variation in the Brachypodium distachyon pan-genome correlates with population structure. Nature Communications 8: 2184 (2017)
- Yruela I, Oldfield CJ, Niklas KJ, Dunker AK. Evidence for a strong correlation between transcription factor protein disorder and organismic complexity. Genome Biology and Evolution 9 (5): 1248-1265 (2017)
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2016
- Cantalapiedra CP, Contreras-Moreira B, Silvar C, Perovic D, Ordon F, Gracia MP, Igartua E, Casas AM. A cluster of nucleotide-binding site-leucine-rich repeat genes resides in a barley powdery mildew resistance quantitative trait loci on 7HL. Plant Genome 9 (2): 1-14 (2016)
- Gutierrez-Carbonell E, Takahashi D, Lüthje S, González-Reyes JA, Contreras-Moreira B, Uemura M, Abadía J, López-Millán AF. A shotgun proteomic approach reveals that Fe deficiency causes marked changes in the protein profiles of plasma membrane and detergent resistant microdomain preparations from Beta vulgaris roots. Journal of Proteome Research 15 (8): 2510-2524 (2016)
- Ksouri N, Jiménez S, Wells CE, Contreras-Moreira B, Gogorcena Y. Transcriptional responses in root and leaf of Prunus persica under drought stress using RNA sequencing. Frontiers in Plant Science 7: 1715 (2016)
- Medeot DB, Romina Rivero M, Cendoya E, Contreras-Moreira B, Rossi FA, Fischer SE, Becker A, Jofré E. Sinorhizobium meliloti low molecular mass phosphotyrosine phosphatase SMc02309 modifies activity of the UDP-glucose pyrophosphorylase ExoN involved in succinoglycan biosynthesis. Microbiology 162 (3): 552-563 (2016)
- Pérez-Palacios R, Macías-Redondo S, Climent M, Contreras-Moreira B, Muniesa P, Schoorlemmer J. In vivo chromatin targets of the transcription factor Yin Yang 2 in trophoblast stem cells. PLoS ONE 11(5): e0154268 (2016)
- Valero-González J, Leonhard-Melief C, Lira-Navarrete E, Jiménez-Osés G, Hernández-Ruiz C, Pallarés MC, Yruela I, Vasudevan D, Lostao A, Corzana F, Takeuchi H, Haltiwanger RS, Hurtado-Guerrero R. A proactive role of water molecules in acceptor recognition by protein O-fucosyltransferase 2. Nature Chemical Biology 12 (4): 240-246 (2016)
- Yruela I, Contreras-Moreira B, Magalhães C, Osório NS, Gonzalo-Asensio J. Mycobacterium tuberculosis complex exhibits lineage-specific variations affecting protein ductility and epitope recognition. Genome Biology and Evolution 8 (12): 3751-3764 (2016)
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2015
- Cantalapiedra CP, Boudiar R, Casas AM, Igartua E, Contreras-Moreira B. BARLEYMAP: physical and genetic mapping of nucleotide sequences and annotation of surrounding loci in barley. Molecular Breeding 35: 13 (2015)
- Ceballos-Laita L, Gutierrez-Carbonell E, Lattanzio G, Vázquez S, Contreras-Moreira B, Abadía A, Abadía J, López-Millán AF. Protein profile of Beta vulgaris leaf apoplastic fluid and changes induced by Fe deficiency and Fe resupply. Frontiers in Plant Science 6: 145 (2015)
- Igartua E, Mansour E, Cantalapiedra CP, Contreras-Moreira B, Gracia MP, Fuster P, Escribano J, Molina-Cano JL, Moralejo M, Ciudad FJ, Thomas WTB, Karsai I, Casas AM. Selection footprints in barley breeding lines detected by combining genotyping-by-sequencing with reference genome information. Molecular Breeding 35: 11 (2015)
- Kelemen Z, Sebastian A, Xu W, Grain D, Salsac F, Avon A, Berger N, Tran J, Dubreucq B, Lurin C, Lepiniec L, Contreras-Moreira B, Dubos C. Analysis of the DNA-binding activities of the Arabidopsis R2R3-MYB transcription factor family by one-hybrid experiments in yeast. PLoS ONE 10 (10): e0141044 (2015)
- Medina-Rivera A, Defrance M, Sand O, Herrmann C, Castro-Mondragon JA, Delerce J, Jaeger S, Blanchet C, Vincens P, Caron C, Staines DM, Contreras-Moreira B, Artufel M, Charbonnier-Khamvongsa L, Hernandez C, Thieffry D, Thomas-Chollier M, van Helden J. RSAT 2015: Regulatory sequence analysis tools. Nucleic Acids Research 43 (W1): W50-W56 (2015)
- Vinuesa P, Contreras-Moreira B. Robust identification of orthologues and paralogues for microbial pan-genomics using GET_HOMOLOGUES: A case study of pIncA/C plasmids. Methods in Molecular Biology 1231: 203-232 (2015)
- Yruela I. Plant development regulation: overview and perspectives. Journal of Plant Physiology 182: 62-78 (2015)
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2014
- Dubos C, Kelemen Z, Sebastian A, Bülow L, Huep G, Xu W, Grain D, Salsac F, Brousse C, Lepiniec L, Weisshaar B, Contreras-Moreira B, Hehl R. Integrating bioinformatic resources to predict transcription factors interacting with cis-sequences conserved in co-regulated genes. BMC Genomics 15 (1): 317 (2014)
- Ito S, Magalska A, Alacaraz-Iborra M, López-Atalaya JP, Rovira V, Contreras-Moreira B, LIpinski M, Olivares R, Martínez-Hernández J, Ruszczycky B, Luján R, Geijo-Barrientos E, Wilczynsky GM, Barco A. Loss of neuronal 3D chromatin organization causes transcriptional and behavioural deficits related to serotonergic dysfunction. Nature Communications 5: 4450 (2014)
- Loscos J, Igartua E, Contreras-Moreira B, Gracia MP, Casas AM. HvFT1 polymorphism and effect—survey of barley germplasm and expression analysis. Frontiers in Plant Science 5: 251 (2014)
- Sebastian A, Contreras-Moreira B. FootprintDB: A database of transcription factors with annotated cis elements and binding interfaces. Bioinformatics 30 (2): 258-265 (2014)
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2013
- Contreras-Moreira B, Vinuesa P. GET_HOMOLOGUES, a versatile software package for scalable and robust microbial pangenome analysis. Applied and Environmental Microbiology 79 (24): 7696-7701 (2013)
- Hoffmann K, Silvar C, Casas AM, Herz M, Büttner B, Gracia MP, Contreras-Moreira B, Wallwork H, Igartua E, Schweizer G. Fine mapping of the Rrs1 resistance locus against scald in two large populations derived from Spanish barley landraces. Theoretical and Applied Genetics 126 (12): 3091-3102 (2013)
- Sebastián A, Contreras-Moreira B. The twilight zone of cis element alignments. Nucleic Acids Research 41 (3): 1438-1449 (2013)
- Serra TS, Figueiredo DD, Cordeiro AM, Almeida DM, Lourenço T, Abreu IA, Sebastián A, Fernandes L, Contreras-Moreira B, Oliveira MM, Saibo NJM. OsRMC, a negative regulator of salt stress response in rice, is regulated by two AP2/ERF transcription factors. Plant Molecular Biology 82 (4-5): 439-455 (2013)
- Yruela I, Contreras-Moreira B. Genetic recombination is associated with intrinsic disorder in plant proteomes. BMC Genomics 14: 772 (2013)
- Yruela I. Transition metals in plant photosynthesis. Metallomics 5 (9): 1090-1109 (2013)
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2012
- Luján MA, Martínez JI, Alonso PJ, Guerrero F, Roncel M, Ortega JM, Yruela I, Picorel R. Reconstitution, spectroscopy, and redox properties of the photosynthetic recombinant cytochrome b559 from higher plants. Photosynthesis Research 112(3): 193-204 (2012)
- Yruela I, Contreras-Moreira B. Protein disorder in plants: a view from the chloroplast. BMC Plant Biology 12: 165 (2012)
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2011
- Casas AM, Djemel A, Ciudad FJ, Yahiaoui S, Ponce LJ, Contreras-Moreira B, Gracia MP, Lasa JM, Igartua E. HvFT1 (VrnH3) drives latitudinal adaptation in Spanish barleys. Theoretical and Applied Genetics 122 (7): 1293-1304 (2011)
- Sagasti S, Yruela I, Bernal M, Lujan MA, Frago S, Medina M, Picorel R. Characterization of the recombinant copper chaperone (CCS) from the plant Glycine (G.) max. Metallomics 3 (2): 169-175 (2011)
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2010
- Contreras-Moreira B. 3D-footprint: a database for the structural analysis of protein–DNA complexes. Nucleic Acids Research 38: D91-D97 (2010)
- Contreras-Moreira B, Sancho J, Espinosa V. Comparison of DNA binding across protein superfamilies. Proteins Structure Function and Bioinformatics 78 (1): 52-62 (2010)
- Janga C, Contreras-Moreira B. Dissecting the expression patterns of transcription factors across conditions using an integrated network-based approach. Nucleic Acids Research 38 (20): 6841-6856 (2010)
- Martínez JI, Yruela I, Picorel R, Alonso PJ. 1H hyperfine interactions in the Mn-cluster of photosystem II in the S2 state detected by hyperfine sublevel correlation spectroscopy. The Journal of Physical Chemistry B 114 (46): 15345–15353 (2010)
- Yruela I, Arilla-Luna S, Medina M. Evolutionary divergence of chloroplast FAD synthetase proteins. BMC Evolutionary Biology 10: 311 (2010)
- Castro-Mondragon J, Rioualen C, Contreras-Moreira B, van Helden J. RSAT::Plants: Motif discovery in ChIP-Seq peaks of plant genomes. In: Hehl R (ed.), Plant Synthetic Promoters: Methods and Protocols: pp. 297-322 (Methods in Molecular Biology, vol. 1482) (2016)
- Contreras-Moreira B, Castro-Mondragon JA, Rioualen C, Cantalapiedra CP, van Helden J. RSAT::Plants: Motif discovery within clusters of upstream sequences in plant genomes. In: Hehl R (ed.) Plant Synthetic Promoters: Methods and Protocols: pp. 279-295. (Methods in Molecular Biology, vol. 1482) (2016)
- Contreras-Moreira B, Sebastián A. FootprintDB: Analysis of plant cis-regulatory elements, transcription factors, and binding interfaces. In: Hehl R (ed.) Plant Synthetic Promoters: Methods and Protocols: pp. 259-277. (Methods in Molecular Biology, vol. 1482) (2016)
- Yruela I. Las proteínas dúctiles. (¿Qué sabemos de...?; 72). Madrid: CSIC, Los libros de la Catarata, 2016. ISBN 978-84-00-10055-1
- Yruela I. Copper. In: Barker AV, Pilbeam DJ, Handbook of Plant Nutrition, 2nd ed., pp: 367-398 (2015)
- Yruela I. Proteínas desordenadas. En: Sebastián A, Pascual A (eds.), Bioinformática con Ñ, pp. 333-347 (2014)
- Yruela I, Sebastián A. Macromoléculas biológicas: proteínas, DNA y RNA. En: Sebastián A, Pascual A (eds.), Bioinformática con Ñ: pp. 185-209 (2014)
- Sebastián Á, Cantalapiedra CP, Contreras-Moreira B. Interface similarity improves comparison of DNA-binding proteins: the homeobox example. In: Freitas AT Navarro A (eds.) Bioinformatics for Personalized Medicine. Lecture Notes in Computer Science 6620: pp 72-82 (2012)
- Sachman-Ruiz B, Contreras-Moreira B, Zozaya E, Martínez-Garza C, Vinuesa, P. Primers4clades: A web server to design lineage-specific PCR primers for gene-targeted Metagenomics. In: de Bruijn FJ (ed.) Handbook of Molecular Microbial Ecology I: Metagenomics and Complementary Approaches: pp. 441-452 (2011)
- Yruela I. Tjio, el indonesio que descubrió el número de nuestros cromosomas investigando en Zaragoza. Ciencia para llevar: el blog del CSIC (2 febrero, 2016)
- Yruela I. Otras fuentes de energía. La fotosíntesis: una fuente de energía alternativa. En: www.energia2012.es (2012)
- García García M, Lamana Ballarín A, Latre Morales B, Lozano A, Mayoral Gastón MC, Menéndez Díaz A, Yruela Guerrero I. (2011) Mujer e investigación en el CSIC de Aragón.
- Yruela I, Aznar JJ. Les plantes també s'estressen com nosaltres [Entrevista]. Empordà - Cultura & Societat: 80-81 (2010)
- Yruela I. La diversidad biológica. Clepsidra 2: 2 (2010)
