Las líneas de investigación de la EEAD-CSIC tienen necesariamente en cuenta tanto los temas de interés para el sector agrícola como las capacidades disponibles. Dentro de esta filosofía se pueden destacar los siguientes objetivos principales, que a su vez se desglosan en objetivos concretos:

I. Obtención y desarrollo de materiales vegetales adaptados a las zonas templadas semi-áridas.

• Mantenimiento y explotación de la variabilidad genética existente (biodiversidad).
• Generación de nueva variabilidad , identificación y selección de caracteres de interés.
• Obtención de nuevos materiales vegetales.

II. Conocimiento y optimización de los procesos fundamentales de las plantas, limitantes para los rendimientos en nuestros sistemas agrícolas.

• Procesos fundamentales en plantas: fotosíntesis y fijación de nitrógeno.
• Fisiología de plantas bajo estreses abióticos.
• Optimización de la nutrición de cultivos en un contexto de agricultura sostenible.

III. Desarrollo de sistemas para una agricultura acorde con las buenas prácticas medioambientales.

• Optimización del uso del suelo: caracterización, degradación y conservación.
• Optimización del uso del agua en la agricultura de regadío.
• Desarrollo de tecnologías para los principales cultivos de nuestro entorno.

Estos objetivos generales son compartidos en distinta proporción por los distintos grupos de investigación que existen en la EEAD-CSIC: